Prince of Persia: The Two Thrones - это трехмерный приключенческий с большим количеством противников и головоломок, продолжающий сюжет предыдущих двух игр. Принц с Кайлиной возвращаются в Вавилон, но по прибытию на родину их корабль подвергается обстрелу. Кайлину захватывают в плен и позже убивают. Пески Времени, вырвавшиеся из тела погибшей девушки попадают на кровоточащие раны Принца, создавая его темного двойника. Отныне Принцу предстоит не только отбить свое королевство, но и победить собственное темное "Я", которое так же стремится к власти над страной.