Yakuza 3 – это экшен с видом от третьего лица, главным героем которого является человек по имени Кадзума Кирю. Англоязычная версия третьей части сериала Yakuza будет отличаться от игры, вышедшей в Японии. В частности, из Yakuza 3 уберут тест по истории Японии и так называемый хост-клуб, в котором главный герой мог общаться с различными девушками. Главный герой игры, бывший якудза Кадзума, пытается порвать с прежней жизнью и обрести покой на живописном острове Окинава, вместе с приемной дочерью Харукой помогая детям в местном приюте для сирот. Однако от прошлого не уйти. Чтобы защитить любимых, Кадзуме вновь придется взяться за оружие. Герою предстоит разобраться в череде запутанных событий и принять участие в жестоких схватках на улицах Окинавы и Токио, где выживают только сильнейшие.