Действие “Бригады Е5: Новый альянс” разворачивается в небольшом тропическом государстве Палинеро. В стране произошел государственный переворот, и она находится на пороге гражданской войны. Главному герою игры предстоит сформировать из наемников отряд специального назначения и оказаться в самом центре событий, происходящих в Палинеро.