В Dark Sector игрокам предстоит вжиться в образ Хайдера Тенно - агента под прикрытием, отправленного в вымышленный восточно-европейский город Ларсия. В ходе миссии Хайдер был атакован неизвестными, которые поразили его биологическим оружием, превращающим людей в бездумные машины для убийства. Пережив атаку Тенно обнаруживает, что вирус дал ему нечеловеческие возможности, которые придутся весьма кстати для того, чтобы выяснить, что же творится в Ларсии.